Als die Tschechische Republik am 1. Januar 2009 die EU-Präsidentschaft übernahm, hatte sie den Vertrag von Lissabon noch nicht ratifiziert. Das Land ist der einzige EU-Staat, in dem der Lissabon-Vertrag noch nicht durch das Parlament verabschiedet wurde. Der gegenwärtige Präsident Václav Klaus ist ein bekennender Europa-Skeptiker und hat offen seine Bedenken gegen die EU geäußert. Nach dem irischen Nein zu dem Dokument erklärte er den Lissabon-Vertrag für „tot“.
Seine ehemalige Partei ODS - die er mit gründete wird als EU-kritisch betrachtet. Der Parteivorsitzende Mirek Topolánek unterzeichnete eine Vereinbarung mit der Britischen Konservativen Partei für eine Bewegung für europäische Freiheit, die als Sprungbrett für eine politische Parteiengruppierung im europäischen Parlament angesehen wurde. Diese Bewegung sollte gegenüber der EU eine kritischere Haltung einnehmen.
Am 24. April 2008 verwies der Tschechische Senat den Lissabon-Vertrag an den Tschechischen Verfassungsgerichtshof. Sieben Artikel des EU-Vertrages sollten gegen die tschechische Verfassung verstoßen . Auf Anfrage des Verfassungsgerichts legte Präsident Klaus eine Stellungnahme vor, in der er ebenfalls fünf Fragen aufwarf, die seiner Auffassung nach erst beantwortet werden sollten bevor der Lissabon-Vertrag durch die Tschechische Republik ratifiziert würde. Am 26. November 2008 urteilte der Gerichtshof, dass die angegriffenen sieben Artikel der tschechischen Verfassung nicht widersprechen . Die 15 Richter urteilten übereinstimmend. Präsident Klaus empfand, dass das Urteil eher politisch als juristisch motiviert war und er etwa um die Zeit nach der Anhörung von den Abgeordneten erwartete hatte, dass diese bezüglich des Vertrags weitere Fragen stellen und diese dem Verfassungsgericht präsentieren würden. Dies wäre möglich, da das Gericht nur sieben Artikel prüfte und als vereinbar mit der tschechischen Verfassung erachtete – nicht aber den gesamten Vertrag beurteilte.
Am 23. Januar 2009 berichte das Tschechische Fernsehen, dass Senatoren der ODS erneut das Verfassungsgericht wegen des Lissabon-Vertrags anrufen würden. Allerdings sagte die Vorsitzende der Senatskommission für Verfassungsfragen, Jirina Rippelova, dass diese neue Klage nicht vor der Verabschiedung des Vertrags durch die beiden Häuser des tschechischen Parlaments eingereicht werden könne.
Es gibt nun viele Spekulationen über das, was in den kommenden Wochen und Monaten passieren wird. Die Abgeordnetenkammer verschob die Diskussion des Vertrages bereits zweimal, da die einbezogenen unterschiedlichen Ausschüsse sich noch nicht über ihre Stellungnahme zum Lissabon-Vertrag einigten. Zur Ratifizierung ist in beiden Kammern des Parlaments eine 3/5-Mehrheit notwendig. Dies kann nicht ohne die ODS erreicht werden, die in beiden Kammern des Parlaments eine Mehrheit hat, doch ist die Partei hinsichtlich des Lissabon-Vertrages zerstritten. Die oppositionelle Kommunistische Partei Böhmens und Mährens ist ebenfalls gegen die Ratifizierung des Vertrages. Dann gibt es da natürlich noch Präsident Klaus, der erklärte, er würde den Vertrag nicht unterzeichnen, bevor Irland ihm zugestimmt hätte.
Während der Arbeit an diesem Bericht gab es Nachrichten aus Tschechien über die Möglichkeit, ein Referendum zum Lissabon-Vertrag durchzuführen. Der Führer der oppositionellen Sozialdemokratischen Partei (CSSD), Jiři Paroubek, räumte ein, dass in Tschechien ein Referendum durchgeführt werden könnte. Es wird angenommen, dass das tschechische Volk den Vertrag annehmen und so die europaskeptischen Fraktionen des Parlaments zum Schweigen bringenkönnte.